Dès 1940, le gouvernement français instaure une politique antisémite visant à réduire l’influence juive dans la société française (révision des naturalisations, abolition du décret Marchandeau, Premier statut des Juifs, abolition du décret Crémieu, etc.).
En mars 1941, à la demande des Allemands, les Français créent un Commissariat général aux questions juives (CGQJ). L’Algeria hôtel est désigné pour devenir son siège. Le 2 juin 1941, le CGQJ adopte un deuxième Statut des Juifs, qui précise la définition de « Juif », allonge la liste des interdictions professionnelles et prévoit un recensement en zone non occupée. Les fichiers nominatifs créés à partir des recensements du CGQJ permettront la mise en œuvre des rafles en 1942 et faciliteront les déportations des Juifs de France vers les camps nazis. L’aryanisation économique est un autre volet de l’activité du Commissariat.
Jusqu’en mai 1942, c’est Xavier Vallat qui dirige le CGQJ. M. Maingonat, propriétaire de l’Algeria Hôtel, entretient, avec lui, une relation très amicale. Maingonat se souvient d’un homme « extrêmement gentil », toujours prêt à aider : « Si l’on avait besoin de quoique ce soit, on allait le voir. […] Il n’hésitait pas une seconde, peu importe ce que vous lui demandiez »*.
Le témoignage de M. Maingonat ne doit pas être considéré comme représentatif de l’attitude des hôteliers vis à vis des membres du gouvernement qui résidaient chez eux. Néanmoins, il montre bien à quel point les interactions quotidiennes entre la population et le gouvernement, d’une part, et la gentillesse de certains ministres envers les Vichyssois, d’autre part, contribuèrent à humaniser le gouvernement aux yeux d’une partie de la population locale.
De mai 1942 à février 1944, le commissariat sera dirigé par Louis Darquier de Pellepoix. En février 1944, la direction sera confiée à Charles Mercier du Paty de Clam. En mai, elle passera aux mains de Joseph Antignac.
* A. Nossiter, The Algeria Hotel, p.189.